通过我们的综合课程“使用 Bioinfo Linux Pipeline 学习 ChIP-seq 数据分析”释放 ChIP-seq 数据分析的强大功能。无论您是初学者还是希望扩展您的生物信息学技能，本课程都提供了使用基本生物信息学工具掌握 ChIP-seq 分析的分步指南。
Published 6/2024
Created by Abdul Rehman Ikram
MP4 | Video: h264, 1280×720 | Audio: AAC, 44.1 KHz, 2 Ch
Genre: eLearning | Language: English | Duration: 24 Lectures ( 2h 55m ) | Size: 1.2 GB
您将学到的内容：
了解ChIP-seq技术的原理和应用。
对原始测序数据执行质量控制和适配器去除。
将测序读数与参考基因组对齐并管理 SAM/BAM 文件。
过滤高质量读取并进行峰值调用以识别蛋白质-DNA 结合位点。
用基因组特征注释峰值并发现 DNA 序列基序。
课程模块：
ChIP-seq 简介：了解 ChIP-seq 技术的基础知识及其工作流程。
理论基础和工具：探索 ChIP-seq 分析中使用的关键工具和文件。
生物信息学的 Linux 基础知识：开始使用 Linux 命令并学习在 Windows 中使用 Linux。
实际管道实施：获得 ChIP-seq 数据分析管道每个步骤的实践经验，从质量控制到主题查找。
目标学习者：
生物信息学爱好者
生物学、遗传学或生物信息学的学生和研究人员
实验室技术人员和科学家
数据科学家和计算生物学家
生物信息学讲师和教育工作者
生物技术和制药行业专业人士
自学者和转行者
先决条件：
不需要先前的生物信息学经验。
对生物学的基本了解是有帮助的，但不是强制性的。
需要基本的计算机技能。
加入我们，获得 ChIP-seq 数据分析中实用且热门的技能。在本课程结束时，您将能够熟练使用生物信息学 Linux 流程来分析 ChIP-seq 数据，为您在生物信息学和计算生物学领域的高级研究或职业机会做好准备。
要求
无需任何生物信息学经验；该课程对初学者很友好。
对生物学的基本了解：熟悉基本的生物学概念，特别是遗传学和分子生物学，是有帮助的，但不是必需的。
生物信息学入门知识：具备生物信息学概念的基本知识是有利的，但欢迎初学者。
计算机知识：基本的计算机技能，包括文件管理和软件安装。
访问计算机：一台可以访问互联网的计算机（Windows、Mac 或 Linux），用于下载软件和数据集。
学习意愿：渴望学习生物信息学的新工具和技术。
文本编辑器：安装文本编辑器（例如 Notepad++、Sublime Text 或 VS Code）用于查看和编辑脚本。
Linux 环境：虽然不是必需的，但能够访问 Linux 环境或安装和使用 Windows Subsystem for Linux (WSL) 可以增强学习体验。
你将会学到的
了解ChIP-seq原理：全面了解ChIP-seq技术在生物研究中的原理和应用。
熟悉 ChIP-seq 工作流程：熟练掌握从实验设置到数据分析的整个 ChIP-seq 工作流程。
安装和配置生物信息学工具：了解如何安装和配置 ChIP-seq 数据分析所需的基本生物信息学工具，包括 Fas
执行质量控制：对原始测序数据进行质量检查并使用 Fastp 删除适配器。
将测序读取与参考基因组对齐：使用 BWA 将测序读取与参考基因组对齐并处理生成的 SAM 文件。
处理和管理 BAM 文件：使用 Samtools 将 SAM 文件转换为 BAM 格式，对 BAM 文件进行排序和索引，确保高效的数据管理和分析。
按映射质量过滤读取：根据映射质量过滤测序读取，以保留高质量数据用于下游分析。
执行峰值调用：通过使用 MACS2 执行峰值调用来识别蛋白质-DNA 结合位点，并了解 ChIP-seq 数据中峰值的意义。
注释峰：使用 HOMER 注释具有基因组特征的已识别峰，深入了解结合位点的生物学相关性。
发现基序：使用 HOMER 进行基序分析，以识别在结合位点富集的 DNA 序列基序，增强对调控元件的理解
学习 ChIP-seq 数据分析的实用且热门的技能。
获得使用基本生物信息学工具的实践经验。
为生物信息学和计算生物学的高级研究或职业机会做好准备。
此课程面向哪些人：
生物信息学爱好者：对学习生物信息学和计算生物学技术感兴趣的个人，尤其专注于 ChIP-seq 数据分析。
学生和研究人员：想要获得 ChIP-seq 数据分析实践技能的生物学、遗传学、生物信息学或相关领域的本科生和研究生。
实验室技术人员和科学家：从事分子生物学、遗传学或表观遗传学工作的实验室专业人员和研究人员，他们希望提高数据分析技能并学习如何处理和分析 ChIP-seq 数据。
数据科学家和计算生物学家：数据科学和计算生物学领域的专业人士希望扩展他们的专业知识，包括使用生物信息学流程进行 ChIP-seq 数据分析。
生物信息学讲师和教育工作者：教授生物信息学并希望将实用的 ChIP-seq 数据分析技术纳入其课程的教育工作者和讲师。
生物技术和制药行业专业人士：在生物技术或制药公司工作的个人，需要分析 ChIP-seq 数据作为其工作职责的一部分。
自学者和转行者：任何对生物信息学充满热情并希望转行从事生物信息学或计算生物学职业的人，即使他们是从零开始。